یکی از مراحل حیاتی و غیرقابل چشم‌پوشی در طراحی آزمایش‌های ترانسفکشن، استفاده از کنترل‌های مناسب برای اطمینان از اعتبار نتایج به‌دست‌آمده است. بدون وجود کنترل‌های دقیق، امکان تحلیل صحیح از کارایی ترانسفکشن، تاثیر مواد مورد استفاده و عملکرد دقیق اسیدهای نوکلئیک وجود ندارد. بنابراین، شناخت دقیق انواع کنترل‌هایی که باید در آزمایشات ترانسفکشن به‌کار روند، برای پژوهشگران ضروری است.

کنترل مثبت (Positive Control)

کنترل مثبت در آزمایش ترانسفکشن، نقش معیار استاندارد را ایفا می‌کند. این کنترل شامل یک DNA یا RNA است که پیش‌تر اثر آن در تغییر بیان ژن یا عملکرد خاصی تأیید شده است. برای مثال، اگر قرار است بررسی شود که یک RNA خاص باعث خاموشی یک ژن می‌شود، کنترل مثبت RNAیی است که قبلاً این عملکرد را نشان داده است. وجود این کنترل به پژوهشگر کمک می‌کند تا از صحت اجرای مراحل و کارایی کلی سیستم ترانسفکشن مطمئن شود، به‌خصوص در مراحل اولیه تنظیم و بهینه‌سازی پروتکل آزمایش.

کنترل منفی (Negative Control)

کنترل منفی تضمین می‌کند که تغییرات مشاهده‌شده واقعاً ناشی از ترانسفکشن هستند و نه عوامل دیگر. در ترانسفکشن DNA، کنترل منفی می‌تواند شامل واکنشی باشد که فاقد DNA یا ناقل انتقال (Carrier) باشد. در ترانسفکشن RNA، معمولاً از سکانس‌های Scrambled استفاده می‌شود، که از نظر طول و ترکیب نوکلئوتیدی مشابه RNA هدف هستند، اما هیچ شباهتی به ژن‌های شناخته‌شده پستانداران ندارند. این کار کمک می‌کند تا اثرات غیراختصاصی شناسایی و حذف شوند.